1)使電力系統短路電流增加。

由于自耦變壓器的高、中壓繞組之間有電的聯系，其短路阻抗只有同容量普通雙繞組變壓器的(1-k/1)平方倍，因此在電力系統中采用自耦變壓器后，將使三相短路電流顯著增加。又由于自耦變壓器中性點必須直接接地，所以將使系統的單相短路電流大為增加，有時甚至超過三相短路電流。

2)造成調壓上的一些困難。

主要也是因其高、中壓繞組有電的聯系引起的自耦變壓器可能的調壓方式有三種，

一種是在自耦變壓器繞組內部裝設帶負荷改變分頭位置的調壓裝置;第二種是在高壓與中壓線路上裝設附加變壓器。而這三種方法不僅是制造上存在困難，不經濟，且在運行中也有缺點(如影響第三繞組的電壓)，解決得都不夠理想。

3)使繞組的過電壓保護復雜。

由于高、中壓繞組的自耦聯系，當任一側落入一個波幅與該繞組絕緣水準相適應的雷電沖擊波時，另一側出現的過電壓沖擊的波幅則可能超出該絕緣水準。為了避免這種現象的發生，必須在高、中壓兩側出線端都裝一組閥型避雷器。

4)使繼電保護復雜。

盡管自耦變壓器存在著一定的缺點，但各國還是非常重視自耦變壓器的應用，主要是與電力系統向大容量高電壓的發展是分不開的，隨著容量增大，電壓升高，自耦變壓器的優點就更為顯著。